Добрый день.
Налоговая должна была выдать Вам акт камеральной проверки с выводами и обоснованиями их. В случае несогласия Вы вправе в течении 15 рабочих дней с момента получения акта предоставить в инспекцию возражения на него. Указать позицию налогового органа, указать позицию налогоплательщика, свои доводы Вы должны подкрепить ссылками на законодательство (Налоговый кодекс, письма ФНС и т.д.), желательно подобрать еще судебную практику по данному вопросу.
Вам в первую очередь нужно доказать, что фактически товар Вы получали (наличие складских помещений, указание адреса доставки в накладных), он был оприходован и в дальнейшем использовался для операций, облагаемых НДС (продажа).
Цитата: Ссылаются на то что не были предоставлены все приложения к договорам, чтоотсутствуют заявки
Что это за приложения? Почему Вы их не дали?
Под заявками они имеют в виду, наверное, заказ поставщику...В законодательстве не прописано нигде, что это обязательное условие сделки.
Плохо, что генеральный - единственный сотрудник и плохо, что он работал у поставщика, поэтому в принципе обоснованно то, что ФНС ссылается на аффелированность лиц. Единственная лазейка здесь как мне видится то, что Ваша ситуация не подпадает прямо к критериям, указанным в статье 20 НК РФ, по иным, неуказанным в статье критериям, аффелированность может быть признана только по суду, а не налоговым органом.
Сделайте в возражениях упор на то, что аффелированности не было, так как отношения между лицами (юр.лицом-поставщиком и физ. лицом-Вашим генеральным) не повлияли на результаты сделок по реализации товаров (работ, услуг), а именно: сделка была совершена по рыночной цене (если это действительно так), укажите, что поставщик уплатил НДС в бюджет с этой сделки.